1620 ஆம் ஆண்டில் யாழ்ப்பாண அரசு போத்துக்கீசர் வசம் செல்லும் வரையில், அதன் தலைநகரம் என்ற வகையில் நல்லூரே இப் பகுதியில் பிரதான நகரமாக இருந்தது. அக்காலத்தில் இன்றைய யாழ்ப்பாண நகரத்துள் அடங்கும் கொழும்புத்துறையில் ஒரு சிறிய இறங்கு துறையும், பின்னர் போத்துக்கீசரின் கோட்டை இருந்த இடத்தில் முஸ்லிம் வணிகர்களின் இறங்குதுறையும், பண்டசாலைகளும், சில குடியிருப்புக்களும் இருந்ததாகத் தெரிகிறது. 1590 ஆம் ஆண்டில் போத்துக்கீசர் யாழ்ப்பாண அரசனைக் கொன்று அவ்விடத்தில் இன்னொரு அரசனை நியமித்த பின்னர் அவர்களது செல்வாக்கு அதிகரித்தது. தொடர்ந்து சமயம் பரப்புவதற்காக வந்த கிறிஸ்தவப் பாதிரிமார்கள் யாழ்ப்பாணக் கடற்கரையோரத்தில் தேவாலயம் ஒன்றையும், அவர்களுக்கான இருப்பிடங்களையும் கட்டியிருந்தனர். பின்னர் முஸ்லிம் வணிகர்களின் பண்டசாலைகள் இருந்த இடத்தைக் கைப்பற்றிக் கொண்டு அவ்விடத்தில் முன்னரிலும் பெரிதாகக் கட்டிடங்களைக் கட்டியிருந்ததாகத் தெரிகிறது. இக்கட்டிடங்கள் வழிபாட்டிடங்களாகவும், சமயம் பரப்பும் இடங்களாகவும் இருந்தது மட்டுமன்றிச் சில சமயங்களில் போத்தூக்கீசருக்கான ஆயுதக் கிடங்குகளாகவும், பாதுகாப்பு இடங்களாகவும் இருந்தன. வெளியேற்றப்பட்ட முஸ்லிம்களை யாழ்ப்பாண அரசன் நாவாந்துறைப் பகுதியில் குடியேற்றினான். கரையோரப்பகுதிகளில் மீன்பிடிக் குடியேற்றங்களும் இருந்தன. தற்போதைய யாழ்ப்பாண நகரத்தின் மையப்பகுதி அமைந்துள்ள இடங்கள் அக்காலத்தில் சதுப்பு நிலங்களாகவும், பனங் கூடல்களாகவுமே இருந்ததாகத் தெரிகிறது.

1620ல் யாழ்ப்பாண அரசை மீண்டும் தாக்கிய போத்துக்கீசர் அதனைக் கைப்பற்றித் தங்கள் நேரடிக் கட்டுப்பாட்டுக்குள் கொண்டுவந்தனர். இதனைத் தொடர்ந்து நல்லூர் தங்களுக்குப் பாதுகாப்பு இல்லை என உணர்ந்த அவர்கள் தங்கள் நிர்வாகத்தை யாழ்ப்பாணத்துக்கு மாற்றினர்

யாழ்ப்பாணத்தைத் தங்களுடைய நிர்வாக மையம் ஆக்கிய போத்துக்கீசர், முன்னர் தங்களுடைய தேவாலயம் அமைந்திருந்த இடத்தில் சதுர வடிவில் அமைந்த பெரிய கோட்டையொன்றைக் கட்டினார்கள். மதிலால் சூழப்பட்டிருந்த இக் கோட்டையுள் கிறிஸ்தவ தேவாலயம் ஒன்றும், வேறு நிர்வாகக் கட்டிடங்களும் அமைந்திருந்தன. கோட்டைக்கு வெளியே போத்துக்கீசரின் இருப்பிடங்களோடுகூடிய யாழ்ப்பாண நகரம் அமைந்திருந்தது. யாழ்ப்பாண நகரில் அமைந்திருந்த கட்டிடங்களுள் கோட்டையையும் அது சார்ந்த கட்டிடங்களையும் தவிர, அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்தில் மதப்பிரசாரத்தில் ஈடுபட்டிருந்த கத்தோலிக்க மடங்களைச் சேர்ந்த பெரிய கட்டிடங்களும் இருந்ததாகத் தெரிகிறது.

உள்ளூர் மக்களின் குடியிருப்புக்கள் இக்காலத்திலும், பெரும்பாலும் நல்லூரை அண்டியே இருந்திருக்கக்கூடும். இன்றைய யாழ்ப்பாண நகரத்துள் அடங்கும் சோனகத்தெரு என்று அழைக்கப்படும் இடத்தில் சிறிய அளவில் முஸ்லிம் வணிகர்களின் குடியிருப்புக்கள் இருந்ததற்கான சான்றுகள் உள்ளன. இன்றைய கரையூர், பாசையூர் ஆகிய இடங்களை அண்டிச் சிறிய சிறிய மீன்பிடிக்குடியிருப்புக்களும் இருந்ததாகத் தெரிகிறது.

போத்துக்கீசர் யாழ்ப்பாணத்தில் 40 ஆண்டுகளுக்கும் குறைவான காலமே ஆட்சி செலுத்தினர் இதனால் யாழ்ப்பாண நகரம் பெருமளவுக்கு வளர்ச்சி அடைந்திருக்கக்கூடிய சாத்தியங்கள் இல்லை. எனினும், இன்று யாழ்ப்பாண நகரத்துள் பெரிய அளவில் மக்களால் பின்பற்றப்படும் கத்தோலிக்க சமயமும், நிர்வாகம் தொடர்பான சில இடப்பெயர்களும் போத்துக்கீசர் தொடர்பை இன்றும் எடுத்துக்காட்டுகின்றன. 1658 ஆம் ஆண்டில் யாழ்ப்பாண நகரம் ஒல்லாந்தரிடம் வீழ்ச்சியடைந்தது
ஒல்லாந்தரின் யாழ்ப்பாண நகரம்

ஏறத்தாள 140 ஆண்டுகள் ஒல்லாந்தர் யாழ்ப்பாணத்தை ஆண்டனர். இதனால் அவர்களின் சுவடுகளை இன்றும் யாழ்ப்பாண நகரத்தில் காணமுடியும். போத்துக்கீசர் கட்டிய கோட்டையை இடித்துவிட்டு, புதிய கோட்டையொன்றை ஒல்லாந்தர் கட்டினர். இன்று பறங்கித் தெரு என்று அழைக்கப்படும் இடத்திலேயே ஒல்லாந்தருடைய குடியிருப்புக்கள் அமைந்திருந்தன. மிக அண்மைக்காலம் வரை இப்பகுதியில் ஒல்லாந்தர் காலக் கட்டிடக்கலையைக் காட்டும் பல கட்டிடங்கள் இருந்தன. அண்மைக்காலத்தில் இடம்பெற்ற போர் நடவடிக்கைகளால் இவற்றுட் பல அழிந்துபோய் விட்டன.

இவர்களுடைய காலத்தில் யாழ்ப்பாண நகரம் ஓரளவுக்கு விரிவடைந்தது என்று சொல்லமுடியும். பறங்கித் தெருப் பகுதியைத் தவிர, வண்ணார்பண்ணை போன்ற பகுதிகள் நகரத்தின் உள்ளூர் மக்களுக்குரிய பகுதிகளாக வளர்ச்சி பெற்றன.

இவர்களுடைய ஆட்சியின் இறுதிக் காலத்தில் இந்து சமயம் தொடர்பான பிடிவாதம் தளர்ந்ததைத் தொடந்து முக்கியமான இந்துக் கோயில்கள் சில இன்றைய யாழ்ப்பாண நகரத்தின் எல்லைக்குள் அமைந்தன. பிற்காலத்தில் இப்பகுதிகள் சைவ சமயத்தவரின் பண்பாட்டு மையங்களாக உருவாக இது வழி சமைத்தது. நல்லூர் கந்தசுவாமி கோயில், வண்ணார்பண்ணை வைத்தீஸ்வரன் கோயில், யாழ் பெருமாள் கோயில் என்பன இவற்றுள் முக்கியமானவை.